本系前身為臺大法學院商學系會計組。民國74年，商學系會計組正式升格為會計學系，至民國76年臺大成立管理學院後，改屬管理學院。民國78年在商學研究所碩士班與博士班內設會計組，開始招收碩、博士班研究生。會計學研究所於民國79年成立碩士班，博士班則於民國82年正式成立，原本設立於商學研究所之會計組博士班併入會計學研究所博士班。會計系之課程重點在於財務會計、成本會計、稅務會計、稅務法規與實務、以及審計等；會研所碩士班強調培植會計專業人才為主；博士班則以培育管理學術研究人才為導向。民國86年成立會計學研究所EMBA班。民國91年，會計學研究所EMBA班改於「管理學院碩士在職專班會計與管理決策組」招生。
在臺大「追求卓越、邁向一流」、「提昇整體競爭力，領先創造新領域」的策略與目標下，本系在師資、教學、研究及對外關係等方面之發展目標分別如下：
本校圖書館目前有中外文管理類相關圖書五千餘冊，專業期刊四百餘種，並提供企管工商全文資料庫【ABI/INFORM（Global、Dateline、Trade & Industry、Archive）（ProQuest）】、會計與稅務資料庫【Accounting & TAX（ProQuest）】、以及經濟數據資料庫【AREMOS】等五十餘種線上文獻資料庫。本院電腦中心則有財金分析資料庫【COMPUSTAT Research Insight】、股價資料庫【Center for Research in Security Prices （CRSP）】、美國上市公司財務資料庫【Datastream】、商管財金類全文資料庫【EBSCO Business Source Premier Publications】、道瓊社及路透社新聞資料庫【FCTIVA】、分析師預測資料庫【IBES】、美國證券交易所交易資訊【NYSE TAQ】、證券新發行與全球合併收購及合作創業資料庫【SDC】、台灣經濟新報資料庫【TEJ】、以及華頓商學研究資料庫【Wharton Research Data Services（WRDS）】等文獻資料可供檢索。本系每年則持續採購超過一百種以上之圖書與期刊，並於系圖書室完整保存本研究所歷屆碩、博士畢業論文及其他會計相關書籍，同時提供國內、美國（FASB）、國際（IASB）之財會、審計、政府會計準則公報，以及證券專業線上資料庫【真像王】、會計審計電腦稽核系統【ACL】、會計研究資料庫【Accounting Research Network】、會計審計資料庫【Audit Analytics】、公司公開資訊資料庫【Corporate Library】、亞洲九國與日本企業資料庫【EOL Asia One & JAPAN】、公司治理資料庫【Governance Analytics】、專業企業資源規劃系統【SAP Business One】、TEJ臺灣與大陸審計品質資料庫、董監職責與專業度、集團企業資料庫、以及IFRS影響數等來支援教學研究需要另，除一般使用電腦所需之作業系統軟體及文書處理軟體外，本系亦不定期採購專業之經濟統計資料分析與應用軟體，如DEA Solver、Eviews、Lisrel、SAP、SAS、SPSS、STATA等軟體來輔助教學研究工作的進行。
本系目前各辦公室及電腦教室之輔助教學設備陳列如下：
桌上型個人電腦三十餘台、筆記型電腦十餘台、數位式單槍投影機2台、實物投影機1台、雷射印表機十餘台、簡報滑鼠4支、數位相機2台、數位攝影機1台、數位錄音筆6支、以及數位式影印機3台。
本系修業期間為4年，學生修畢133學分可獲得管理學學士學位，其中包括93個必修學分(含通識科目15)、選修學分40學分。
會計學原理(6)、中級會計學(6)、中級會計專題(3)、高等會計學(6)、成本與管理會計甲(6)、審計學(6)、經濟學甲(6)、統計學(6)、會計資訊系統(3)、企業管理(3)
微積分乙(6)、商事法(3)、民法概要(3)、財務管理(3)、稅務法規(3)
碩士班修業期限以一至四年為限，學生修畢45學分後授予碩士學位，其中包括必修課程12學分，選修課程33學分。
高等審計學(3)、高等管理會計(3)、財務會計理論(3)、會計資訊系統研討(3)
選修課程中，會計類至少須修習9學分，研究方法類至少須修習3學分，管理類至少須修習12學分。
先修科目
以下科目須在本校或教育部認可之大學部取得學分。
中級會計學、成本會計學或管理會計學、審計學、會計資訊系統
本所博士班修業期限以二至七年為限，最低畢業學分不含論文為18學分，其中包括必修課程5科，必選課程8科，一般選修課程3科。
會計實證研究一(3)、會計實證研究二(3)、分析及行為研究(3)、論文寫作一(3)、論文寫作二(3)
計量經濟理論一(3) 、個體經濟理論(4)、會計學專題研究討論一(1)、會計學專題研究討論二(1)、會計學專題研究討論三(1)、會計學專題研究討論四(1)，另就下列科目中擇二：
會計計量經濟理論二(4)、計量經濟理論三(4)、多變量分析(3)、實驗設計(3)、本校其他所之研究方法課程，經博士班委員會同意。
會計系學生畢業後以進入會計師事務所工作居多，亦可進入企業之會計、財務部門或參加高考進入政府會計、審計、財稅等部門工作。進入會計師事務所者可成為執業會計師，或於具三、五年經驗後視興趣及機會轉入企業之財務、會計部門或證券、金融業等。事實上會計專才轉入管理、行銷、理財、證券投資等工作領域並不困難，但其他領域則較難取代會計專才。因此，本系所培養之人才，雖以會計專業為主，但以提升學生整體管理知識與能力為重心，以期學生透過會計專業的訓練，未來能成為各公司機構之領導人才。
